Если откликнуться на предложение Бёрка и взорвать город, помимо того, что погибнут все жители Мегатонны, а город будет буквально стёрт с лица земли, у игрока вычтут 1000 очков кармы.
В Fallout 3 к игрокам со статусом кармы «Очень злой» менее охотно будут присоединяться напарники. Также путников с очень низкой кармой будут преследовать Регуляторы, которые охотятся за головами «злодеев».
Таким образом, игра регулирует хорошие и плохие поступки, и за неправильный
с моральной точки зрения выбор следует наказание, которое будет препятствовать прохождению и выходам на некоторые руты игры.
Помимо регуляторов, путник будет периодически сталкиваться с враждебно настроенными беженцами из Мегатонны.